3. 寄り道:プロジェクトファイルのバージョン

アセンブラと異なり、Cコンパイラではプロジェクトファイルが重要で、コンパイラのバージョンが異なると、 以前作ったプロジェクトが正しくコンパイルできなくなってしまうなどのトラブルがあるようです。
コンパイラのバージョンアップは、むやみにせず、一仕事完成してから、時間のあるときに行うことをお勧めします。
また、コンパイラのバージョンが変わったら、プロジェクトファイルを作り直す方が良いかもしれません。


※参考: 「サンプルプロジェクトがデバッグモードで動かない?」

PIC32 USB Starter Kit III のページの下にある 「I/O Port Demo Code Example」(LED点滅のサンプルプロジェクト)は、 プロジェクト設定が古いらしく、現在のバージョンのツールでコンパイルすると、デバッグモードではエラーになってしまいます。
(リリース用のコンパイル/書き込み動作はOK)

現在のバージョンの MPLAB X で新規にプロジェクトファイルを作成しなおし、これにサンプルの MAIN.C のソースをコピーして コンパイルすれば、デバッグモードでもコンパイルできるようになります。